电气与自动化工程学院的前身为成立于1984年的常熟职业大学设立的电气工程系，当时招收电气技术应用专业（专科）；
1989年，原苏州师范专科学校和常熟职业大学合并为常熟高等专科学校，保留了电气工程系，继续招收电气技术应用专业（专科）；
1994年，电气工程系与机械工程系合并成立机电工程系，设电气技术应用（专科）、机电一体化（专科）、计算机科学技术（专科）、计算机教育（专科）、机械制造与工艺（本科，挂靠常州技术师范学院）专业；
1999年，机电工程系拆分计算机科学技术专业（专科）、计算机教育专业（专科），成立计算机系；
2002年，机电工程系又分成自动控制系和机械工程系，自动控制系继续招收电气技术应用专业（专科），又新设电气工程与计算机控制（专科）专业；
2003年，学校筹建常熟理工学院，同年，自动控制系首次试招自动化（本科）专业；
2004年7月，自动控制系更名为信息与控制工程系；
2008年7月，信息与控制工程系更名为自动化系；
2009年7月，学校实行二级学院制改革，自动化系更名为电气与自动化工程学院。